运行时
Blastn使用
2022-06-13 13:47:49
27

我们使用从公共软件目录拉下来的blastn(public/software/example/blastn)时,发现使用DCU提交任务时总是提示[GPU information file cannot be opened for reading]

attachmentId-image.png

这个错误经常会出现,有时候程序可以正常运行。

我们的slurm任务代码如下

! /bin/bash
#SBATCH -J blastn1E
#SBATCH -p kshdnormal
#SBATCH -N 1
#SBATCH -n 1
#SBATCH --gres=dcu:1
#SBATCH -o sample.ans
#SBATCH -e sample.err



export CPLUS_INCLUDE_PATH=/public/home/ghfund_1_a8/blastn-DCU/ncbi-blast-2.2.28+-src/c++/GCC700-ReleaseMT64/inc:$CPLUS_INCLUDE_PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/public/home/ghfund_1_a8/blastn-DCU/ncbi-blast-2.2.28+-src/c++/GCC700-ReleaseMT64/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export PATH=/public/home/ghfund_1_a8/blastn-DCU/ncbi-blast-2.2.28+-src/c++/GCC700-ReleaseMT64/bin:$PATH




makeblastdb -in /public/home/ghfund_1_a8/blastn-DCU/hiptest/base.fa -dbtype nucl -parse_seqids -out ../hiptest

blastn -query /public/home/ghfund_1_a8/blastn-DCU/hiptest/base.fa -db ../hiptest -evalue 1000 -outfmt 6  -out out_file
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