使用移植的DCU跑分子动力学,过小的计算体系和过大的计算体系,跑了一段时间后就报错了,报错信息如上所示。尝试在脚本中加入OMP_NUM_THREADS=2也不好使。问题的关键是:作业出现报错,可进程依旧100%占用CPU运行,观察DCU并没有爆显存,导致作业在异常情况下挂在服务器一天,损失不少机时。
作业文件:链接:https://pan.baidu.com/s/10NpwiUtH6AzuEsJqToDdVA 提取码:dd0r
您好,这个问题我们已知,已在设法解决,非常抱歉。 VASP DCU版我们近期也会更新,会有性能和稳定性方面的提升。 此外,我看了您的算例,单个电子步耗时不到0.1秒,这种情况下DCU版的性能通常不如CPU版(因为DCU版单节点只有4个进程),建议对这种小体系使用CPU版运行。
谢谢回复,在脚本中设置OMP_NUM_THREADS=2已经顺利跑完了。的确如此,DCU对中等规模计算体系加速效果非常显著
但是报错后,作业不掉下来的问题,还望解决一下。一不留神,机时被扣惨了
另外,论坛发帖,直接贴图进去,还不让发呀,报错说字数超出限制
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报错截图如附件中的图
您好,这个问题我们已知,已在设法解决,非常抱歉。
VASP DCU版我们近期也会更新,会有性能和稳定性方面的提升。
此外,我看了您的算例,单个电子步耗时不到0.1秒,这种情况下DCU版的性能通常不如CPU版(因为DCU版单节点只有4个进程),建议对这种小体系使用CPU版运行。
另外,论坛发帖,直接贴图进去,还不让发呀,报错说字数超出限制
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