计算物理
测试结果交流:VASP在GPU上加速效果显著,却为何没有在超算上大范围普及?
2023-03-14 09:52:15
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通过查阅相关资料,很容易发现一个事情,VASP在GPU上运行速度提升了10倍(如附件图1所示,来自https://www.nvidia.cn/data-center/gpu-accelerated-applications/vasp/),从而能在同一时间使用计算要求更高和更精确的方法:

很显然,看起来很美好,但仔细分析,它参照的CPU是至强E5-2698 V3,在性能上与当下流行运行速度较快的典型CPU机器仍有不少差距,这个加速比存在疑问,但总体来看,VASP在GPU上加速是显著的(不论是在NVIDIA GTX系列单精度卡还是TESLA双精度卡上)。另外一个很重要的因素是,当下各大超算中心对VASP用户主推的还是CPU计算资源。那么,为什么VASP在GPU上加速效果显著,却没有在超算普及?

下面,笔者将结合光合基金的资助,对国产高性能DCU加速卡对VASP加速的测试来谈一谈。

1、是用户不够多?

VASP经过30年的发展,已经圈住了广大用户,用户研究方向包括:电极材料、拓扑器件、叠氮含能材料、光伏材料、场效应晶体管、压电材料、铁电材料、磁性材料、储氢材料、超硬材料、超导材料、气敏材料、高压科学、催化材料、污染物分离膜、地球科学等领域(相关算例和参考文献见/public/home/ghfund2_b2/GuangHe/example-fields),关于VASP的交流平台、教学视频等数不胜数,可以说,VASP 是当下最流行的材料计算模拟软件之一。显然,计算资源是用户们必备的武器装备, VASP 计算资源从来不缺用户。

2、用户对加速不感兴趣吗?

对于计算本身而言,显然运算速度越快越好,尤其是对当下一些热点课题(比如近常压室温超导Lu-N-H)。但是对大部分用户,尤其是具有多年研究经历的导师而言,大部分课题运算速度快,并不是必要条件。 先多花时间考虑清楚了,再去做计算,才能事半功倍,避免计算机时(研究经费)的浪费。计算速度越快,反而会对计算体系的成本更高。我们更鼓励学生独立思考,并不鼓励学生通过疯狂计算资源来弥补对科研本身的研究。

但时间成本对于一些紧急研究课题也十分重要,附件图2是在光合基金B资助下对国产DCU加速卡的性能测试。可以看到,对于较小研究体系而言(计算体系价电子数小于500),DCU加速卡优势还不够明确,但对于较大计算体系(计算体系价电子数大于500),DCU在各个类型的计算中都具有优势。这与VASP移植团队check_case.sh脚本是一致的。也就是说,仅仅对于较大且较紧急的课题,DCU 加速卡优势明显。

3、是使用难度太大吗?

OpenACC版本对VASP的GPU运算速度有较大提升,但对普通用户而言并不关心这个,这是集群管理员的优化任务。对普通用户而言,提交CPU计算作业和提交GPU计算作业并没有区别,都是sbatch+脚本提交,所以这不是问题。

4、是使用性价比太低吗?

研究经费有限,子弹不能无限,大部分导师在决定租赁一个计算资源之前,都会委派一个同学测试一下计算资源的性价比,也就是花同样的资源(时间成本和价格成本),办更多的事。既然图2已经确定了在较大计算体系能够获得较大的加速比,但用户实际使用过程中并不会细化到仅较大计算体系才用它。那么我们选取了各个领域典型算例作为测试(相关算例和参考文献见/public/home/ghfund2_b2/GuangHe/example-fields),参考计算平台也是当下较流行性能适中的2intel Gold 6132(28核,12 16G内存),具备典型的计算性能。测试结果如附件图3所示,很明显,除了声子谱和弹性模量计算,大部分在DCU计算平台都取得了一定的加速效果。但是也很显然,离蓝色线还有一段距离。这时候,有人肯定要问,蓝色线是怎么得来的?

Gold 6132计算1天需要的价格成本:0.1元/核时28核 24小时=67.2元

4DCU计算1天需要的价格成本:2元/卡时 424小时+0.09元/核时 36*24小时=269.76元

蓝色线:4.01269.76元/67.2元≈4倍

显然,DCU计算加速比需要达到4倍,才具有很好的价格优势。考虑到时间成本的缩短,DCU加速需要达到至少3倍,在时间成本和价格成本上才具有优势(个别紧急计算体系除外,但这种体系还是少数),但可以看到,对于大多计算,仍无法超越3倍数。在DCU上跑计算任务,一个比较直观的感觉就是试错任务不敢在DCU上跑。现在课题组有4个学生,每年大概消耗7-8万机时费,我估计让学生在DCU上跑,每年得消耗20万(当然,产出有可能增多,但试错成本显著增加)。

图3 典型计算类型和应用领域算例加速比,蓝色线是4倍速。

综上所述,我们可以比较客观得出基本结论,VASP不缺机时用户,除非对紧急课题,对计算加速要求并不高。GPU对VASP存在一定的加速性能,但价格成本是限制GPU 在 VASP 计算应用中的重要因素。

本测试结果受到光合基金B的资助(资助号:ghfund202202026143),目前测试结果仅供论坛内部交流,仍需更多实际算例表明测试结果准确性。

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