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运行时
Relion 运行relion_refine_mpi,遇到错误[oo]ERROR: HipCustomAllocator out of memory
2023-03-26 17:37:41
102

申请资源:salloc -p fat -N1 -n32 --gres=dcu:4
运行命令:
mpirun -np 3 numactl --cpunodebind=0  which relion_refine_mpi  --o Refine3D/job019/run --auto_refine --split_random_halves --i Extract/job018/particles.star --ref Class3D/job016/run_it025_class001_box256.mrc --firstiter_cc --ini_high 50 --dont_combine_weights_via_disc --preread_images --pool 30 --pad 2 --ctf --ctf_corrected_ref --particle_diameter 200 --flatten_solvent --zero_mask --oversampling 1 --healpix_order 2 --auto_local_healpix_order 4 --offset_range 5 --offset_step 2 --sym D2 --low_resol_join_halves 40 --norm --scale --j 6 --gpu --pipeline_control Refine3D/job019/
报错信息:

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尝试申请多个节点或改变运行mpi进行数量,错误依旧,目前没有解决方案,不知道该如何切入该问题

全部评论(2)
只看楼主
T
tianlh
1楼
您好,申请资源salloc指令加入--mem=90G试一下
2023/3/27
K
kh
回复 @tianlh
你好,我使用salloc -p normal -N1 --mem=90G --gres=dcu:4申请资源 ,运行算例仍然报同样的错误
2023/4/4
没有更多内容了
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