16
科学计算应用
请问怎么调用合适的资源跑gromacs?
2021-11-24 16:05:58
77

大家好,我在跑gromacs的时候想用gpu加速,提交作业时需要申请计算资源,我按照下图中的命令申请资源,发现计算速度比较慢(5ns/day左右),所以想问一下针对曙光的dcu节点,怎么申请资源速度会比较快,我在其它地方跑的时候是用一张V100gpu卡+12cpu核心时比较合适,速度大概为40ns/day左右。

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全部评论(3)
只看楼主
L
lzw
2楼
部署方法可否发一下,我在尝试部署但是没成功
7/28
Z
zhangyz
1楼

#SBATCH --cpus-per-task=8,用这个。
另外OMP_NUM_THREADS没什么用,主要需要看gmx的发起命令

2021/11/24
G
ghfund_i_b13
回复 @zhangyz

好的收到,谢谢。

2021/11/25
没有更多内容了
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楼主
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